程序专利的申请可以按照以下流程进行：
1. 审查优先申请
在国家知识产权局网站上开展审核优先申请，提交电子版的申请文件。
2. 申请日期
在提交申请文件之日开展，可以采纳企业的最初的中文名称或名称缩写。
3. 公布
公布申请信息，由国家知识产权局提供公告服务。
4. 实质审查
申请人申请程序专利后，由国家知识产权局对该申请文件内容提请实质审查。
5. 逐级审查
国家知识产权局实施三级审查制度，对程序专利的实质审查机构由国家知识产权局决定，具体执行机构按照章程确定。
6. 授权
实质审查机构决定授权。
7. 发放证书
实质审查机构发放一份程序专利证书。
