软件著作权不予登记的原因主要包括以下几点：
1. 申请表存在缺陷：
* 软件全称不规范，或者软件名称在申请文件中出现不一致且未提交证明文件。
* 编程语言、软件环境、硬件环境、代码量、功能和技术特点等描述有误。
* 著作权人信息填写有误，或者权利人署名在申请文件中出现不一致且未提交证明文件。
2. 提交的源程序鉴别材料有缺陷：
* 源程序鉴别材料的格式不符合登记机构的要求。
* 程序中包含与申请人无关的信息。
* 源程序最后一页未结尾，不是一个模块完整结束。
3. 提交的手册鉴别材料有误：
* 手册鉴别材料的格式不符合要求。
* 手册中出现与申请人无关的信息。
* 用户手册重复，与之前提交的软著内容相似。
* 用户手册与代码不符合。
4. 其他材料有缺陷：
* 未正确提供非职务软件证明材料。
* 未正确提供合作开发协议，或者合作开发的软件未由全体著作权人协商确定代表办理登记。
* 申请登记的软件存在权属争议。
5. 形式问题：
* 申请表格内容填写不完整、不规范，且未在指定期限内补正。
* 申请文件不符合规定的格式要求，如未使用国际标准A4型纸张等。
* 申请文件未使用中文填写，或者外文文件未附中文译本。
6. 特定情况下的驳回：
* 提交的代码雷同，未提交各自软件且能反映核心功能的代码。
* 文档与代码页眉名称与申请表软件名称不一致。
* 代码中部分页码存在乱码。
* 截图中软件名称与申请表不一致。
* 代码页数不够，未达到规定的页数要求。
需要注意的是，软件著作权登记行为不是设权行为，而是“补充行为”或“加强行为”。即使软件未进行著作权登记，只要软件完成之日起，其著作权便自动产生。然而，为了明确权利归属并加强法律保护，软件著作权人通常会选择进行著作权登记。在申请软件著作权登记时，申请人应确保申请材料的真实性、完整性和规范性，以避免因材料问题导致的不予登记情况发生。
