计算机软件著作权的认定方式主要包括以下几种：
1. 登记制度：依据《计算机软件著作权登记办法》，软件著作权自软件开发完成之日起自动产生，登记并非取得著作权的必要条件。但为取得法律充分保护，软件著作权人可以向国家知识产权局进行登记，获得《计算机软件著作权登记证书》。在司法实践中，软件著作权登记证书是证明软件著作权归属的有力证据之一。
2. 源码比对：在计算机软件著作权侵权纠纷中，源代码的比对至关重要。如果被诉侵权软件与权利软件的源代码相同或实质相似，通常会被认定为侵权。此外，著作权人提供的合法出版物、权利人的身份证明、认证机构出具的证明等也可以作为认定软件著作权的依据。
3. 其他证据：除上述登记证书和源码比对外，当事人提供的开发完成的文件、开发使用的人员及其分工等证据也可以用于证明软件著作权的归属。在举证时，当事人应提供合法有效的证据来证明其主张。法院会根据当事人提供的证据进行综合判断，以确定软件著作权的归属。
以上认定方式仅供参考，具体的著作权归属问题可能涉及复杂的法律与事实问题，需要依靠专业法律人士结合具体案情予以分析。如果需要进一步了解有关计算机软件著作权的详细信息，建议咨询法律专业人士或专业机构。
