计算机著作权的认定方式主要包括以下几个方面：
1. 作品的独创性认定：著作权保护的是具有独创性的作品，因此计算机软件的独创性是著作权认定的前提。在认定过程中，需要判断软件是否具备创新性、是否为特定思想的表现等。例如，某些软件因其设计思路和表现形式新颖独特而得到著作权保护。另外，关于是否由开发者独立创作的证明也是著作权认定中的重要环节。
2. 作品的表现形式认定：著作权保护的是软件的表现形式而非思想本身，所以在认定著作权时需要对软件的表现形式进行评估。如果软件在运行过程中的表现形式具备独创性，那么就可能获得著作权法的保护。此外，著作权人还应拥有软件修改权来保护软件不被他人随意修改破坏其表现形式。
3. 作品登记制度：对于经过审核的软件作品，国家版权局将进行作品登记并颁发《计算机软件著作权登记证书》，这是一种法律认定形式，可以有效证明作者的计算机著作权。但即便未经过登记的软件作品仍然可以受到软件著作权的保护。同时，对于权利的取得方式和著作权的主体资格也应予以关注。如合作开发软件的著作权归属应根据合作开发各方的协议来确定等。至于侵犯计算机著作权的行为及其法律责任，法律也有明确的规定和制裁措施。
总的来说，计算机著作权的认定方式主要基于作品的独创性、表现形式、登记制度以及权利取得方式和主体资格等方面进行评估和判断。在实际操作中，可能还需要结合具体案例和相关法律法规进行深入分析和判断。如有更多疑问或需要更详细的解读，建议咨询专业法律人士或知识产权专家。
