软件著作权侵权认定方式主要包括以下几个方面：
1. 接触侵权：即被控侵权人接触了权利人的软件作品。这可以通过源代码、目标代码、程序文档等来判断是否接触过软件作品。如果接触过，则有可能存在侵权行为。
2. 实质性相似侵权：即被控侵权软件与权利人软件作品存在实质性相似之处。这需要对比双方软件的代码、结构、界面设计、功能设置等方面是否存在相似性，并且这种相似性要达到较高的程度。在实质性相似性的判断过程中可以采用反向工程技术等方法获取软件源代码等资料进行对比分析。
3. 发行侵权行为的认定：如果行为人未经许可复制发行他人的软件作品，即构成侵权行为。这里的复制可以是光盘制作复制等行为。根据具体情况还可以对侵权行为进行合理的定性处理。根据复制的数量等因素侵权行为判定不同的侵权行为后果。如果侵权人非法复制发行软件的获利数额较大或者有其他严重情节的行为构成犯罪，将面临刑事处罚的风险。
除了以上几种方式外，还可以通过其他证据来证明软件著作权侵权，如源代码、许可证协议等书面证据，以及专家鉴定意见等。同时，在进行软件著作权侵权认定时，还应结合法律法规和相关判例进行综合判断。如果需要进行法律维权，建议咨询专业律师以获得更为精确的建议和帮助。
以上内容仅供参考，如有任何疑问，建议咨询法律相关的专业人士或机构。
