初创公司申请专利的主要步骤如下：
1. 确定需要保护的发明或创新：这是申请专利的第一步，需要确定哪些技术或产品特性是需要保护的。
2. 进行专利检索：在确定申请专利之前，进行专利检索是很重要的，以确定你的发明是否已经被其他人申请过专利。这可以帮助避免在申请过程中产生纠纷，也可以帮助了解相似技术的当前状况。
3. 准备专利申请文件：专利申请文件包括专利说明书、摘要、权利要求书等。这些文件需要详细描述你的发明，并阐述其用途、优点和实施方式。
4. 选择合适的专利类型：根据发明的性质，选择合适的专利类型，包括发明专利、实用新型专利和外观设计专利。
5. 提交专利申请：将专利申请文件提交至国家知识产权局或其他相关专利局。在中国，可以通过电子申请方式在线提交申请。
6. 等待审查：提交申请后，专利局将对申请进行审查，包括形式审查和实际审查。如果专利局对申请有任何疑问或要求修改，将会与申请人联系。
7. 获取专利权：如果专利申请被批准，申请人将获得专利权。这意味着在专利保护范围内，他人未经许可不得使用、制造或销售该发明。
在整个过程中，建议初创公司寻求专业的专利代理或律师的帮助，以确保专利申请流程顺利进行。此外，也要注意，申请专利需要一定的费用，包括申请费、年费等，所以在申请前需要考虑到经费问题。
以上步骤是一般性的流程，具体步骤可能会因国家或地区而有所不同，需要根据实际情况进行调整。
