软件著作权登记证明文件主要包含以下几部分：
1. 软件著作权登记证书，其中包括软件名称、著作权人信息、软件开发完成时间等内容。
2. 程序鉴别材料，主要是软件的源代码、目标代码以及相关的开发文档等，用以证明软件的创造性以及原始性。著作权人为证明登记软件的程序鉴别材料的完整性提交的材料一般为整个程序的连续或者分单元的源代码正反两面复印件等。除上述要求提交的文件外，还须提交记载软件主要功能、软件设计的技术特色、技术背景介绍等材料。当登记软件的鉴别材料较多时，可将软件的说明文档做成光盘等压缩形式上传并附在申请资料后面一同提交。另外提交的源代码一般要求是软件的前三十页和后三十页连续编号的源代码。部分软件由于其特殊性只提供一部分源代码也可接受登记申请。具体要求会根据不同地区的版权局而有所不同。部分著作权人在登记软件著作权时提供国家认可的软件测试报告以替代源代码提交方式也能被接受，但要保证测试报告的内容能够完整反映软件的整体功能。对于涉及商业秘密的软件作品不建议使用这种方式进行登记。另外，如果软件涉及到著作权相关的企业作为权利人提交营业执照及对应编号（含注册号）也可用作材料证明的一部分。除源代码等一般要求外，针对用户手册等材料可能涉及图形界面的版权问题也应进行必要的准备和提交。因此软件著作权登记证明文件所包含的具体内容可能会因实际情况而有所变化和调整。
以上内容仅供参考，如需了解更多关于软件著作权登记的信息，建议咨询专业的知识产权服务机构或律师获取具体要求和准确信息。
