软件著作权登记申请文件主要包括以下几部分：
1. 软件著作权登记申请表。包括软件名称、著作权人信息、软件功能介绍等。
2. 软件源代码。源代码是软件的重要组成部分，应提供软件的全部源代码，包括注释部分。源代码的文件格式通常是文本文件，需要提供清晰的源代码截图或者电子文档。
3. 软件说明书。应包括软件的功能、性能、使用方法等说明，以便他人了解软件的功能和使用方法。
4. 身份证明文件。个人申请需要提供个人身份证明，如是公司申请，则需要提供公司营业执照等相关证明文件。
5. 如有代理人的，需要提供代理委托书。代理委托书应明确代理事项、权限等。
6. 其他相关文件。如合作开发的软件需要提供合作开发合同或协议等；如为委托开发的软件需要提供委托开发协议等。
请注意，具体的申请文件要求可能会因地区和具体的情况有所不同，建议咨询相关部门或专业机构获取详细的信息和要求。
