要将小米Note 3手机恢复出厂系统（即恢复出厂设置），您可以按照以下步骤操作：
1. 打开手机的“设置”应用。
2. 在设置菜单中，滚动并查找“更多设置”或“高级设置”。
3. 在更多设置或高级设置里，找到并点击“备份和重置”或“恢复出厂设置”。
4. 在此页面上，您可以看到不同的重置选项。请确保选择的是“恢复出厂设置”或“全部删除”选项。注意，这个操作会删除您的个人数据，包括应用程序、系统设置、账户信息、下载的内容等，所以在执行前请确保已备份重要数据。
5. 点击“恢复出厂设置”后，会弹出提示确认框。请仔细阅读提示内容，确保您明白这将删除所有个人数据。
6. 确认无误后，输入您的手机密码或验证您的指纹（如果有设置的话），然后点击“确认”或“确定”开始恢复出厂设置。
7. 手机会开始重置过程，这可能需要一段时间。完成后，手机会自动重启并进入初始设置状态。
请注意：在执行此操作之前，请确保已备份所有重要数据，因为这可能导致数据丢失。此外，如果手机有其它特殊情况（如ROOT权限、定制ROM等），某些设置可能会被隐藏或有所不同。如果遇到困难，建议查阅小米官方文档或联系小米客服获取更多帮助。
