软件专利和软件著作权在多个方面存在明显的区别，主要差异体现在性质、保护重点、申请流程以及法律适用上。
1. 性质：软件著作权是知识产权范畴，属于著作权法保护的对象，是作品的一种。而软件专利则属于专利法范畴，是发明创造的一种。简单来说，软件著作权保护的是软件的表达形式，而软件专利则保护软件的技术创新部分。
2. 保护重点：软件著作权主要保护软件的源代码、文档等表达形式，侧重于对代码逻辑的保护。而软件专利则侧重于对软件的技术创新部分如算法等的保护，更加关注技术的创新性和实用性。例如，如果一套算法新颖独特，具有创新性并且实际应用有价值，那么这套算法可以申请专利保护。但如果只是普通的程序代码，没有创新性或独特性，则只能寻求著作权法的保护。
3. 申请流程：软件著作权的申请流程相对简单，只需向国家版权局提交相关材料并经过审核即可获得证书。而软件专利需要经过专利申请、受理、初审、公布、实审以及授权等阶段，时间周期长且审核过程严格。获得专利权后还需要按期缴纳年费。软件专利的注册和保护在多数情况下会比软件著作权更为复杂和严格。
4. 法律适用：对于软件专利和软件著作权的争议或侵权问题，适用的法律有所不同。前者依据专利法，后者依据著作权法进行处理。在某些情况下，二者可能同时存在于一个软件中，例如在软件开发过程中可能存在技术创新的部分既可以申请专利也能受到著作权的保护。这时需要根据具体情况选择最合适的法律手段进行保护。
总的来说，软件专利和软件著作权各有其独特的保护范围和适用场景。在选择申请哪种权利时需要根据软件的具体情况和需求进行决策。更多详细信息建议查阅国家知识产权局发布的官方文件或咨询专业律师。
