软件著作权两年不予登记的原因可能包括以下几点：
1. 申请材料不齐全：软件著作权登记需要提交一系列的材料，包括软件著作权登记申请表、软件源代码、软件说明书等。如果申请材料不齐全或者不符合要求，会导致登记申请被驳回。
2. 登记信息不准确：如果提交的登记信息不准确或者存在矛盾，例如软件名称、版本号、著作权人信息等，也可能会导致登记申请被驳回。
3. 涉及侵权纠纷：如果软件涉及侵权纠纷，例如存在知识产权争议或者涉及他人商业秘密等，著作权登记机关可能会暂停或者不予登记。
4. 违反法律法规：如果软件存在违反法律法规的情况，例如涉及色情、暴力、恐怖等内容，或者涉及违反计算机软件保护条例等情况，也会导致登记申请被驳回。
5. 其他原因：还有一些其他原因可能导致软件著作权不予登记，例如软件已经过期、软件已经不再更新等。
如果您的软件著作权登记申请被驳回，建议您仔细查看驳回原因，并根据要求进行补充或者修改。如果您对登记流程不熟悉，可以咨询专业的知识产权代理机构或者律师进行协助。
